El poblado fue fundado por grupos indígenas de Cutzatalan o Cotzalan, entre las ollas, ahora San Juan Cosalá, que pidieron a su cacique «Xitomatl» o «Tzacuaco», (hombre de grandes ojos saltados), salir a fundar otros pueblos como Ajijic, Tzapotlán, hoy San Cristóbal, Xocotepec y Tomatlán. Esta región, antes de la conquista, estuvo habitada por aborígenes idólatras, desnudos y errabundos. La conquista la hizo pacíficamente Alonso de Ávalos en 1524, siendo los fundadores de Xolotepec los naturales, ya bautizados, Graciano Concepción, Santiago Jacobo, Jorge Simeón, Luis Cupertino, Salvador Hesperito, Pedro Tadeo, Lorenzo Antonio, Lorenzo Sebastián, Bartolo Jacobo, Juan de los Reyes, Andrés Joseph, Pablo Roque y familias. Se desconoce el decreto que lo erigiera en municipio, aunque el del 12 de abril lo menciona como municipalidad. En 1825 tenía Ayuntamiento, y el 13 de marzo de 1832 adquiere el título de Villa. En 1846 Jocotepec es cabecera del Departamento de Chapala. Desde 1879 Jocotepec es cabecera del 7° Cantón hasta 1903 que regresó a Chapala. El 20 de mayo de 1903 por decreto, Jocotepec es cabecera y comprende a Tuxcueca y Tizapán el Alto.